Το 3ο Γυμνάσιο Νίκαιας είναι πιστοποιημένο Κέντρο Στήριξης Επιμόρφωσης έχοντας υλοποιήσει έως τώρα :
- Έξι (6) προγράμματα Επιμόρφωσης Εκπαιδευτικών στην αξιοποίηση των Τ.Π.Ε. στην εκπαίδευση (Α’ επίπεδο) την περίοδο 2003-2008.
- Ένα (1) πρόγραμμα Εκπαίδευσης Ενηλίκων στην Απόκτηση Βασικών Δεξιοτήτων στις Νέες Τεχνολογίες – “ΗΡΩΝ” την περίοδο 2005-2006.
- Ένα (1) πρόγραμμα Επιμόρφωσης Εκπαιδευτικών Πληροφορικής (2008).
- Τέσσερα (4) προγράμματα Επιμόρφωσης Εκπαιδευτικών ΠΕ70 Β’ επιπέδου για την αξιοποίηση και εφαρμογή των Τ.Π.Ε. στη διδακτική πράξη (2010-2011, 2012-2013, 2013-2014 και 2014 – 2015).
- Τη σχολική χρονιά 2016-17 το νέο πρόγραμμα επιμόρφωσης Εκπαιδευτικών Επιπέδου Β΄1.
- Τη σχολική χρονιά 2017-18 το πρόγραμμα επιμόρφωσης Εκπαιδευτικών Επιπέδου Β΄1 για τη συστάδα Β1. 4 (Πρωτοβάθμια Εκπαίδευση) και για τη συστάδα Β1. 2 (Φυσικές Επιστήμες, Τεχνολογία, Φυσική Αγωγή και Υγεία).
- Τη σχολική χρονιά 2019-2020 το πρόγραμμα επιμόρφωσης Εκπαιδευτικών Επιπέδου Β΄2 για τη συστάδα Β1. 4 (Πρωτοβάθμια Εκπαίδευση) και για τη συστάδα Β1. 2 (Φυσικές Επιστήμες, Τεχνολογία, Φυσική Αγωγή και Υγεία).
- Επίσης το 3ο Γυμνάσιο Νίκαιας, ως Πειραματικό Γυμνάσιο Νίκαιας, στο διάστημα Φεβρουαρίου – Μαρτίου 2012 υλοποίησε πρόγραμμα επιμόρφωσης «πολλαπλασιαστών» στην εκπαιδευτική αξιοποίηση διαδραστικών συστημάτων διδασκαλίας.